با توجه به رویکرد وزارت علوم تحقیقات و فناوری مبنی بر تخصصی شدن مجلات، مجله تحقیقات مهندسی کشاورزی به دو مجله تخصصی با اعتبار علمی و پژوهشی تفکیک شد. این مجلات با عناوین «تحقیقات کاربردی مهندسی سازه های آبیاری و زهکشی» و «تحقیقات مهندسی سامانه ها و مکانیزاسیون کشاورزی» آماده پذیرش مقالات علمی-پژوهشی با کیفیت بالا هستند.
مجله تحقیقات کاربردی مهندسی سازه های آبیاری و زهکشی، مقالههای علمی- پژوهشی در زمینه موضوعات مختلف مرتبط با مسائل مهندسی و سازهای شبکه ها و سامانه های آبیاری و زهکشی، و مجله تحقیقات مهندسی سامانه ها و مکانیزاسیون کشاورزی، مقاله های علمی- پژوهشی در زمینه مدیریت، بررسی، ارزیابی و توسعه ماشین های کشاورزی و سامانه های فنی و مهندسی کشاورزی، انرژی در کشاورزی، ایمنی و ارگونومی، و همچنین تحقیقات بین رشتهای و فناوری های نوین و پیشرفته در حوزه های زراعت، باغبانی، صنایع غذایی، دام و شیلات با تکیه بر جنبه های کاربردی، زیست محیطی و آینده پژوهی را که به زبان فارسی نوشته شده و قبلاً منتشر نشده یا برای انتشار در مجله یا نشریهای دیگر ارسال نشده باشد، برای بررسی و داوری می پذیرد. همچنین در هر دو مجله مقاله های گردآوری یا تحلیلی مرتبط با تخصص مجله که توسط پژوهشگران صاحب نظر و تنها به دعوت هیأت تحریریه در زمینه مسائل روز فنی و مهندسی تهیه شده باشد، قابل بررسی خواهند بود.
در همین راستا، تلاشها و پیگیریهای لازم برای اخذ مجوز علمی-پژوهشی برای مجله تخصصی سوم در زمینه صنایع غذایی و فناوریهای پس از برداشت، در جریان بوده و امید است به زودی این مهم نیز محقق شود.